在明朝时期，总督制度逐渐发展成为一种重要的政治体制。这一制度始于明正统六年（1441年），当时云南地区的少数民族发动了反叛行动，明英宗为了平息叛乱，派遣兵部尚书王骥担任总督，负责军事事务。这是中国历史上首次出现以总督军务入衔的情况。
起初，总督并非常设职位，而是中央政府为处理特定事务而临时任命的官员。这些官员的主要职责是军事方面的事务，与他们所在地区的布政使司、按察使司等地方政府部门并没有直接的隶属关系。这种临时性官员制度在一定程度上保证了中央政府对地方事务的控制，同时也避免了地方势力过大的风险。
随着历史的发展，总督制度逐渐完善。在清朝时期，九个总督的职位成为了固定的存在，各自负责不同的地区。这九个总督分别是：直隶总督、江苏总督、浙江总督、福建总督、广东总督、广西总督、湖南总督、湖北总督和四川总督。在这些总督中，谁的权利最大一直是一个争议的话题。然而，无论如何，这些总督都是中央政府在地方上的重要代表，他们的权利和地位都得到了充分的保障。
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